KHỐI PHÒNG CHỨC NĂNG
  1.     Phòng Chính trị. Chủ nhiệm chính trị: Đại tá, Tiến sĩ Nguyễn Minh Thắng
  2.     Văn phòng. Chánh Văn phòng: Đại tá, Kỹ sư Phạm Mạnh Khái
  3.     Phòng Đào tạo. Phụ trách phòng: Phó Giám đốc Học viện - Đại tá, PGS.TS Lê Minh Thái
  4.     Phòng Sau đại học. Trưởng phòng: Đại tá, Phó Giáo sư, Tiến sĩ  Vũ Quốc Trụ
  5.     Phòng Khoa học Quân sự. Trưởng phòng: Thượng tá, Phó Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn Thái Chung
  6.     Phòng Thông tin Khoa học Quân sự. Phụ trách phòng: Thượng tá, ThS Chu Bá Tuấn
  7.     Phòng Kỹ thuật. Trưởng phòng: Đại tá, Thạc sỹ Nguyễn Văn Thủy
  8.     Phòng Hậu cần. Chủ nhiệm: Đại tá, Tiến sỹ Hồ Quang Huy
  9.     Ban Tài chính. Trưởng ban: Đại tá, Cử nhân Tạ Văn Hồng
  10.     Phòng Hợp tác Quốc tế và Quản lý lưu học sinh quân sự. Trưởng phòng: Trung tá, Phó Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn Trung Kiên
  11.     Phòng Khảo thí và đảm bảo chất lượng giáo dục - đào tạo. Trưởng phòng: Đại tá, Tiến sĩ Đặng Huy Tú
  12.     Ban Quản lý dự án. Trưởng ban: Đại tá, Thạc sĩ Nguyễn Ngọc Khôi
  13.     Ban Quản lý dự án Đầu tư hiện đại hóa các phòng thí nghiệm. Trưởng ban: Đại tá, Tiến sĩ Nguyễn Đăng Hải
  14.     Trung tâm Công nghệ thông tin. Trưởng Trung tâm: Trung tá, Tiến sĩ Nguyễn Hoàng Sinh